課税期間の終了のときにおける仮受消費税等の金額から仮払消費税等を控除した金額の差額が納付する又は還付される消費税に原則としてなりますので、所得税(法人のときは法人税になります。）の額に影響を与えません。

簡易課税制度の適用を受けたり、上記差額と納付額（還付額）と一致しないときは差額の調整も課税期間を含む事業年度に処理をします。

個人事業の事業承継のときは、親の事業を廃止し、子など事業を引き継ぐ人が事業を開始します。税抜経理や税込経理でも特例の方式によっている場合には、課税期間を含む期間に益金又は損金に算入されていますので問題ありません。

しかし、税込経理を行い、その原則的な処理方法である納付申告書の提出日に納付すべき消費税を費用処理を行っている場合には、納付した時には事業を廃止していて費用処理できないことになってしまいます。

そのため、期末において未払計上を行うことを検討してみてください。
（ただし、相続により承継したケースは、除かれます。）

※詳細については税務署又は担当税理士に一度ご確認の上処理をおこなってください。