管轄の税務署や都税事務所の窓口に申告書を直接持参をすることは一番確実な方法です。
直接持参をすることは、書類に不備があった場合に指摘してもらえて、その場で修正をすることができるという点です。（修正できるように印鑑を持って行きましょう。できれば、通帳の口座番号も控えておくことをおすすめいたします。）。

また、申告書を１セット余計に持っていけば、収受印をその場で押印して返してくれますので申告書の控もすぐに手に入ります。直接、税務署や都税事務所に行かなければいけないので、手間がかかってしまうというデメリットはありますが、その点を除けばもっとも確実で簡単な手続です。

申告書を直接持参することのデメリットである、手間がかかってしまうことをを補う方法として、申告書を郵送するというこの方法があります。

申告書を１セット余計に送付して、切手を張り付けた返信用封筒を同封しておけば、収受印を押した控を返送してくれますので控えをもらえるという直接持参する方法のメリットも同様に享受できます。

但し、直接持参することのメリットである修正がこの場合にはできないというデメリットがあります。また、期限ぎりぎりで申告書を郵送する場合には、必ず「郵便又は信書便」を使って郵送しなければならないことです。

宅急便等、その他の手段で郵送をすると、税務署に到達した日が申告書の提出日になってしまいますが、「郵便又は信書便」で郵送をすると、消印の日付を申告書の提出日として取り扱ってもらえます。
「EXPACK 500」、「ゆうぱっく」、「クロネコメール便」等の小包郵便は、信書便には該当しませんので、申告書の提出日は、税務署への到達日とされてしまいますのでくれぐれも気をつけてください。

電子申告を使うことにより、直接持参をするという手間が省けて、好きな時間に提出ができるとともに、紙を使わないで申告書を提出することができます。この点は、他の2つにないメリットです。

但し、電子申告により申告書を提出すると、税務署等の収受印を押印してもらうことができないというデメリットがあります。この点は、電子申告ソフト上、電子申告を受理したメッセージは見ることができるので、申告書が受け付けられたことそのものは確認できます。

また、電子申告を行うための準備が必要をするという手間がかかるデメリットがあります。電子申告を行うには電子証明書が必要です。電子証明書は住民基本台帳カードに保存されますので、まずカードを作ります。その後、電子証明書の発行手続を行います。通常は、住民基本台帳カードと同じ住んでいる市区町村の窓口で交付申請をします。

電子証明書の発行が済んだら、ICカードリーダーを購入します。公的個人認証サービスに対応しているICカードリーダライタはICカードリーダライタ普及促進協議会のページに動作確認済みの製品一覧があります。くれぐれも確認してから購入をしてください。
そして、購入をした後に設定を行うことになります。

これらの手続きで手間やお金がかかりますが、電子申告を始めた初年度に5，000円税額控除で引いてもらえますので、コスト上の損というのはありません。

これらのメリット・デメリットを勘案したうえで、提出方法を決めていただけたらと思います。